Исследвания последних лет показывают, что Перперикон полностью сохраняет свое значение и в христианскую эпоху. В 5-7 вв. он, вероятно, являлся местом пребывания одной из ранних епископских кафедр, а в 8-12 вв. становится и областным центром, подчиненным непосредственно администрации в столице Византийской империи Константинополе. Благодаря этому положению Перперикона при раскопках находят множество интересных предметов, связанных с христианским культом. С духовной точки зрения, однако, исключительно ценной оказалась находка, сделанная 21 августа 2002 г.