Проучванията от последните години показват, че Перперикон напълно съхранява значението си в християнската епоха. През 5-7 в. той вероятно е седалище на една от ранните епископски катедри, а през 8-12 в става и областен център, подчинен директно на администрацията в столицата на Византийската империя, Константинопол. Като такова важно средище при разкопките се намират множество интересни предмети, свързани с християнския култ. От духовна гледна точка обаче изключително ценна се оказа находката, направена на 21 август 2002г.